Na území Hloubětína bylo nalezeno několik zajímavých artefaktů z prehistorické doby. Je doloženo, že lidé zde žili již od 5. tisíciletí př. n. l. Usazovali se v úrodném údolí Rokytky, v okolních lesích byl dostatek zvěře i dřeva na otop. Na území Hloubětína byly nalezeny artefakty dokládající osídlení v mladší době kamenné, době bronzové i době železné.
První písemná zmínka o Hloubětíně pochází z období vlády třetího českého krále Přemysla Otakara I. V první polovině 13. století vdova po Přemyslu Otakarovi I. věnovala ves Hloubětín špitálu sv. Františka, ze kterého se vyvinul církevní řád, známý jako křižovníci s červenou hvězdou. Jádro původní obce leželo na pravém břehu Rokytky kolem návsi, dnešní náměstí Ve Starém Hloubětíně. Tvořila ho tvrz, dnešní zámek Hloubětín, kostel sv. Jiří a několik usedlostí. Křižovníci měli v Hloubětíně svou rezidenci, hospodářský dvůr, faru a hospodu, později otevřeli i školu. Až do poloviny 20. století byl na návsi rybník. Kolem obce se rozprostíraly polnosti, které poskytovaly obživu pro místní.
Hloubětínem procházela od pražské Špitálské brány důležitá komunikace směrem do Hradce Králové a dále na východ království (dnešní Poděbradská ulice). Z této polohy profitovala zdejší krčma, jejíž existence se datuje do počátku 16. století.
Na jihovýchod od jádra obce vystavěli křižovníci ovčín, který se postupně rozrostl v sídlo Chaloupky. To však dnes již s Hloubětínem splynulo.
Byl vystavěn současný hostinec, budova s čp. 1. Na svých cestách jej navštívili i významní panovníci jako Karel VI., Marie Terezie, Josef II. nebo Ferdinand V. Dobrotivý. Budova hostince s průčelím a bránou v klasicistickém stylu a barokní fasádou z konce 18. století je od roku 1958 památkově chráněna.
Byla zřízena železniční zastávka Hloubětín na tratí do Kolína.
Z podnětu místních byl změněn název obce z Hloupětína na Hloubětín, protože starý název „dával podnět k mrzutostem“.
Obec Hloubětín byla začleněna do hlavního města jako součást Prahy IX na základě zákona o Velké Praze.
Další rozvoj Hloubětína byl podpořen protažením tramvajové trati z Vysočan, která zásadně zlepšila dopravní obslužnost území.
Za První republiky vznikly v Hloubětíně rovněž tři nouzové kolonie pro dělníky s nižšími příjmy, kteří si nemohli dovolit platit nájem v činžovních domech.
Byla postavena vozovna Hloubětín, která tak je nejmladší pražskou vozovnou.
Byla zahájena výstavba sídliště Hloubětín, která započala modernistickou výstavbu v této části Prahy. Ve Vysočanech se rozrůstá areál ČKD Praha a pro zajištění dopravní obslužnosti je v území vybudován vlečkový systém předávacího nádraží.
Vzniká sídliště Lehovec, které se o dekádu později se rozšířilo až k tramvajové zastávce Lehovec. Název Lehovec je zkomoleninou původního pojmenování nedalekého vrchu Hlohovec, na kterém ve velkém rostly hlohy.
Spojení s centrem Prahy se výrazně zlepšilo díky zprovoznění stanice metra Hloubětín na trase metra B.
Průmyslové areály se postupně transformují na rezidenční čtvrti, ve stopě železniční vlečky je zbudována cyklostezka A26 celoměstského významu.